第1351章 新生们都很忙(上)
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开学第二周。
实验室的灯从来没关过。
白板上已经被擦过无数次,每次擦完又密密麻麻写满新的批注。
现在上面并列画着三组流程图——肝癌三联方案的靶向性验证、代谢编辑的体外细胞系测试、pd-L1脱靶评估的蒙特卡洛模拟参数调整。
每一组流程图下面都签着负责人的名字,字迹各有各的歪法。陈述的签名最工整,一笔一划跟高考答题卡似的。优素福的签名全是阿语,但旁边会贴心地画个箭头标注英文缩写。
凌晨两点。
赵一舟从pcR仪里取出最后一批扩增产物,把96孔板端到凝胶电泳槽旁边。
动作轻得跟端着一碗刚出锅的豆腐脑一样——优素福趴在旁边的实验台上睡着了,脸枕在手臂上,手边还摊着一本烧了一半的微生物学教材。书页翻到第七章,空白处密密麻麻写满了阿语批注。
“一舟,你那个条带跑出来了吗?”
陈述从细胞房探出头,手套上还沾着培养基。
“跑出来了,pKm2剪接位点的扩增效率跟预测值完全吻合。但引物二聚体有点多,需要重新优化退火温度。”
“降两度试试。”
“已经试过了,五十二度降到五十度,二聚体少了但特异性也降了。我觉得不是温度的问题,是镁离子浓度。现有配方是英格丽德从数据库里调的标准方案,但那个方案是针对欧洲人群样本优化的,亚洲人群的Gc含量高一些,需要的镁离子浓度可能也要调。”
陈述把手套摘了扔进废液桶,走到电泳槽旁边蹲下来,盯着紫外透射仪上的条带看了足足半分钟。
“你说得对。亚洲人群的等位基因频率分布跟欧洲不一样,Gc含量偏高,标准方案的扩增条件不是最优的。明天让英格丽德重新跑一个镁离子梯度测试,把亚洲人群作为一个独立变量加进蒙特卡洛模型里。”
“优素福呢?”
“非洲人群的验证跑完了吗?”
优素福不知道什么时候醒了,从手臂上抬起头,脸上压出一道红印子。揉了揉眼睛,把笔记本电脑翻开,屏幕上是一组刚出炉的Sanger测序峰图。
“跑完了,数据在我电脑里。非洲人群那个SNp位点的等位基因频率比欧洲高出将近一倍。我们之前设计的那条sgRNA正好覆盖了这个位点,如果不调整序列,在非洲人群里的编辑效率会打折扣。”
“那怎么办?”
“我重新设计了几条备选sgRNA,避开了SNp位点,同时保持了靶向特异性。序列文件已经发给安德斯了,等他明天上机测试。”
陈述看了优素福一眼。
“你什么时候醒的?”
“你刚才说‘镁离子浓度可能也要调’的时候,我半梦半醒听到这句话,脑子自动开始查数据库——非洲人群的Gc含量比亚洲还高,所以镁离子的问题在我们那边更严重。等英格丽德跑完梯度测试,我同步套一个非洲人群的平行验证。”
赵一舟把移液枪放回架子上,往椅背上一靠。
“我突然想到一个问题,我们这个三联方案,目前的设计是基于亚洲、欧洲、非洲三个人群的等位基因频率做的。但拉美人群呢?大洋洲原住民呢?”
“你说得对,如果这套方案将来要推广到全球,就得覆盖所有主要人群的遗传背景。但我们现在人手不够。德国来的那个博士生在跑类器官培养,山田在调蒙特卡洛模拟的参数,陈述的同学在跑伦理补充材料的修改稿。拉美人群的数据得有人去挖。”
“找谁?”
“找新生。”
“新生刚入学两周,连pcR都没跑利索。”
“我入学两天就开始跑pcR了。昨天食堂里坐我旁边那个从阿根廷来的新生,叫迭戈,布宜诺斯艾利斯大学医学院读了两年退学来的。他跟我说他在阿根廷的实验室里做过南美人群的药物基因组学研究,手里有拉美几个主要国家的等位基因频率数据,他正愁没地方用。”
实验室里安静了一秒,然后陈述拿起白板笔,在流程图上画了第四根箭头,箭头旁边写了两个字——“迭戈”。
“明天吃早饭的时候堵他,别让别的课题组抢了。”
赵一舟把电泳结果拍照存档,忽然想起什么。
“话说回来——食堂今晚还有夜宵吗?”
“你饿了?”
“饿了,跑了一晚上pcR,中午到现在就吃了一包红薯干,莫嫂的鱼汤还有吗?”
“这个点早没了,但码头旁边有个二十四小时的面包店,老板叫阿强,是本地人,他做的椰子面包不错。以前老刘叔值夜班的时候天天去买,说比工地食堂的馒头好吃。”
“那就去吃椰子面包,带上优素福。带上迭戈。在面包店里堵他比在食堂堵更有效率——因为面包店小,跑不掉。”
凌晨三点,码头旁的面包店。
阿强把刚出炉的椰子面包从铁盘里铲出来排在货架上,热气腾腾,椰蓉的焦香混着海风从店门口涌出去,飘过半条街。
店里只有一张折叠桌和几把塑料凳,桌上堆着几摞旧报纸,墙角立着一个装椰子的麻袋。
陈述、赵一舟、优素福挤在折叠桌旁边。迭戈被赵一舟从宿舍里喊醒,穿着拖鞋揉着眼睛走进来,手里还攥着一本翻到卷边的西班牙语版《基因编辑原理》。
“你们黎明大学的人都不睡觉的吗?我在布宜诺斯艾利斯的时候,凌晨三点街上连狗都睡了。”
“狗睡了你没睡,你在看什么书?”
“《基因编辑原理》。来之前啃了一个月,来了以后发现完全不够用。昨天在实验室旁听你们讨论sgRNA设计,有一半术语听不,。回去以后翻了半宿书,终于搞清楚了pAm序列跟脱靶率的关系。”
“你手里有什么数据?”
“什么数据?”
“阿根廷,拉美人群等位基因频率,赵一舟说你在布宜诺斯艾利斯大学做过南美药物基因组学。”
迭戈把面包放下,噎了一下。
“有,来之前我把数据打包带过来了,但数据量不大,只覆盖了阿根廷、智利、秘鲁三个国家的样本。巴西的没搞到。本来想等开学以后找导师申请课题经费去挖巴西的,但来了以后发现——没导师。”
“什么意思?”
“这里没有导师,只有课题负责人,陈述就是课题负责人。我问拉赫曼校长我应该找谁报到,他说——你找到课题了吗?我说没有,他说那你先去找陈述聊聊。我以为他在开玩笑。大一新生当课题负责人?现在看到你们凌晨三点在面包店里堵我——我信了。”
陈述把椰子面包掰成两半,一半递过去。
“不是堵你,是请你入伙。拉美人群的遗传背景数据我们缺。你手里有,你就不是新生。你手里有数据,你就是课题组不可或缺的人。明天早上八点实验室见,带上你的数据硬盘。”
开学第二周。
实验室的灯从来没关过。
白板上已经被擦过无数次,每次擦完又密密麻麻写满新的批注。
现在上面并列画着三组流程图——肝癌三联方案的靶向性验证、代谢编辑的体外细胞系测试、pd-L1脱靶评估的蒙特卡洛模拟参数调整。
每一组流程图下面都签着负责人的名字,字迹各有各的歪法。陈述的签名最工整,一笔一划跟高考答题卡似的。优素福的签名全是阿语,但旁边会贴心地画个箭头标注英文缩写。
凌晨两点。
赵一舟从pcR仪里取出最后一批扩增产物,把96孔板端到凝胶电泳槽旁边。
动作轻得跟端着一碗刚出锅的豆腐脑一样——优素福趴在旁边的实验台上睡着了,脸枕在手臂上,手边还摊着一本烧了一半的微生物学教材。书页翻到第七章,空白处密密麻麻写满了阿语批注。
“一舟,你那个条带跑出来了吗?”
陈述从细胞房探出头,手套上还沾着培养基。
“跑出来了,pKm2剪接位点的扩增效率跟预测值完全吻合。但引物二聚体有点多,需要重新优化退火温度。”
“降两度试试。”
“已经试过了,五十二度降到五十度,二聚体少了但特异性也降了。我觉得不是温度的问题,是镁离子浓度。现有配方是英格丽德从数据库里调的标准方案,但那个方案是针对欧洲人群样本优化的,亚洲人群的Gc含量高一些,需要的镁离子浓度可能也要调。”
陈述把手套摘了扔进废液桶,走到电泳槽旁边蹲下来,盯着紫外透射仪上的条带看了足足半分钟。
“你说得对。亚洲人群的等位基因频率分布跟欧洲不一样,Gc含量偏高,标准方案的扩增条件不是最优的。明天让英格丽德重新跑一个镁离子梯度测试,把亚洲人群作为一个独立变量加进蒙特卡洛模型里。”
“优素福呢?”
“非洲人群的验证跑完了吗?”
优素福不知道什么时候醒了,从手臂上抬起头,脸上压出一道红印子。揉了揉眼睛,把笔记本电脑翻开,屏幕上是一组刚出炉的Sanger测序峰图。
“跑完了,数据在我电脑里。非洲人群那个SNp位点的等位基因频率比欧洲高出将近一倍。我们之前设计的那条sgRNA正好覆盖了这个位点,如果不调整序列,在非洲人群里的编辑效率会打折扣。”
“那怎么办?”
“我重新设计了几条备选sgRNA,避开了SNp位点,同时保持了靶向特异性。序列文件已经发给安德斯了,等他明天上机测试。”
陈述看了优素福一眼。
“你什么时候醒的?”
“你刚才说‘镁离子浓度可能也要调’的时候,我半梦半醒听到这句话,脑子自动开始查数据库——非洲人群的Gc含量比亚洲还高,所以镁离子的问题在我们那边更严重。等英格丽德跑完梯度测试,我同步套一个非洲人群的平行验证。”
赵一舟把移液枪放回架子上,往椅背上一靠。
“我突然想到一个问题,我们这个三联方案,目前的设计是基于亚洲、欧洲、非洲三个人群的等位基因频率做的。但拉美人群呢?大洋洲原住民呢?”
“你说得对,如果这套方案将来要推广到全球,就得覆盖所有主要人群的遗传背景。但我们现在人手不够。德国来的那个博士生在跑类器官培养,山田在调蒙特卡洛模拟的参数,陈述的同学在跑伦理补充材料的修改稿。拉美人群的数据得有人去挖。”
“找谁?”
“找新生。”
“新生刚入学两周,连pcR都没跑利索。”
“我入学两天就开始跑pcR了。昨天食堂里坐我旁边那个从阿根廷来的新生,叫迭戈,布宜诺斯艾利斯大学医学院读了两年退学来的。他跟我说他在阿根廷的实验室里做过南美人群的药物基因组学研究,手里有拉美几个主要国家的等位基因频率数据,他正愁没地方用。”
实验室里安静了一秒,然后陈述拿起白板笔,在流程图上画了第四根箭头,箭头旁边写了两个字——“迭戈”。
“明天吃早饭的时候堵他,别让别的课题组抢了。”
赵一舟把电泳结果拍照存档,忽然想起什么。
“话说回来——食堂今晚还有夜宵吗?”
“你饿了?”
“饿了,跑了一晚上pcR,中午到现在就吃了一包红薯干,莫嫂的鱼汤还有吗?”
“这个点早没了,但码头旁边有个二十四小时的面包店,老板叫阿强,是本地人,他做的椰子面包不错。以前老刘叔值夜班的时候天天去买,说比工地食堂的馒头好吃。”
“那就去吃椰子面包,带上优素福。带上迭戈。在面包店里堵他比在食堂堵更有效率——因为面包店小,跑不掉。”
凌晨三点,码头旁的面包店。
阿强把刚出炉的椰子面包从铁盘里铲出来排在货架上,热气腾腾,椰蓉的焦香混着海风从店门口涌出去,飘过半条街。
店里只有一张折叠桌和几把塑料凳,桌上堆着几摞旧报纸,墙角立着一个装椰子的麻袋。
陈述、赵一舟、优素福挤在折叠桌旁边。迭戈被赵一舟从宿舍里喊醒,穿着拖鞋揉着眼睛走进来,手里还攥着一本翻到卷边的西班牙语版《基因编辑原理》。
“你们黎明大学的人都不睡觉的吗?我在布宜诺斯艾利斯的时候,凌晨三点街上连狗都睡了。”
“狗睡了你没睡,你在看什么书?”
“《基因编辑原理》。来之前啃了一个月,来了以后发现完全不够用。昨天在实验室旁听你们讨论sgRNA设计,有一半术语听不,。回去以后翻了半宿书,终于搞清楚了pAm序列跟脱靶率的关系。”
“你手里有什么数据?”
“什么数据?”
“阿根廷,拉美人群等位基因频率,赵一舟说你在布宜诺斯艾利斯大学做过南美药物基因组学。”
迭戈把面包放下,噎了一下。
“有,来之前我把数据打包带过来了,但数据量不大,只覆盖了阿根廷、智利、秘鲁三个国家的样本。巴西的没搞到。本来想等开学以后找导师申请课题经费去挖巴西的,但来了以后发现——没导师。”
“什么意思?”
“这里没有导师,只有课题负责人,陈述就是课题负责人。我问拉赫曼校长我应该找谁报到,他说——你找到课题了吗?我说没有,他说那你先去找陈述聊聊。我以为他在开玩笑。大一新生当课题负责人?现在看到你们凌晨三点在面包店里堵我——我信了。”
陈述把椰子面包掰成两半,一半递过去。
“不是堵你,是请你入伙。拉美人群的遗传背景数据我们缺。你手里有,你就不是新生。你手里有数据,你就是课题组不可或缺的人。明天早上八点实验室见,带上你的数据硬盘。”